El ejercicio de la Autoridad Marítima se remonta a principios del siglo XVII, habiendo sido siempre realizado por marinos. A finales del siglo XVII y durante la república se establecieron varias capitanías de puerto ante la imperiosa necesidad de evitar las constantes pérdidas de embarcaciones, vidas humanas, cargamentos valiosos y con la finalidad de mantener el orden en los puertos. La primera que se creó fue la Capitanía de Puerto del Callao, mediante Real Orden del 01 de noviembre de 1791, designándose como primer capitán de puerto al Capitán de Fragata Agustín de Mendoza y Arguedas.
Posteriormente, durante la república y a mediados del siglo XIX se había organizado un sistema de inspección de capitanías que dio paso a la Sección y luego a la Dirección de Capitanías.
Por Decreto Supremo de fecha 5 de agosto de 1919 se creó la Dirección General de Capitanías y Guardacostas. Por Decreto Ley N° 17824 del 23 de setiembre de 1969 se creó el Cuerpo de Capitanías y Guardacostas. Por Resolución Ministerial N° 0701 del 25 de mayo de 1973 se declaró Día del Guardacostas. El 7 de junio de 1996 se promulgó la Ley 26620, Ley de Control y Vigilancia de las Actividades Marítimas, Fluviales y Lacustres. Por Resolución de la Comandancia General de la Marina N° 360-99 del 5 de abril de 1999 se estableció que el 5 de agosto de cada año se conmemore el Día de la Autoridad Marítima del Perú. Por Resolución de la Comandancia General de la Marina de fecha 21 de octubre de 1999 se creó la Escuela de Calificación por Actividad Capitanías y Guardacostas.