Esta Dirección desarrolla labores de evaluación, gestión, prevención y reducción de la contaminación del mar, ríos y lagos navegables, causada por buques e instalaciones acuáticas y por las actividades que se realicen en dicho ambiente u originada en tierra, lo cual es competencia exclusiva de la Autoridad Marítima en coordinación con los sectores involucrados.
La Dirección tiene asignada por Ley, como una de sus funciones, el ejercer control y vigilancia para prevenir y combatir los efectos de la contaminación acuática en general, en todo aquello que ocasione daño ecológico en el ámbito de su competencia, con la sujeción a las normas nacionales y convenios internacionales sobre la materia, sin perjuicio de las funciones que le corresponda ejercer a otros sectores de la administración pública.
Esta Dirección es responsable de la administración del convenio internacional para prevenir la contaminación por los buques (MARPOL 73/78), instrumento que contiene reglas para prevenir la contaminación en el medio marino por buques, artefactos, plataformas fijas o flotantes y por todas las causas factibles, tales como hidrocarburos, sustancias nocivas líquidas transportadas a granel, sustancias perjudiciales llevadas por mar en bultos, aguas sucias, basuras y contaminación atmosférica que producen los buques.
El control del cumplimiento de este convenio se efectúa mediante la vigilancia de las unidades aéreas y de superficie durante la travesía de los buques, a fin de detectar cualquier forma de descarga no autorizada.
Todo buque que arriba a puerto es sometido, antes del inicio de las operaciones comerciales, a una verificación de los certificados internacionales, a fin de comprobar que se encuentra en buenas condiciones y no ofrece riesgo a la seguridad y al medio ambiente.
Asimismo, se verifica que los buques cuenten con coberturas por concepto de responsabilidad civil, para que ante la eventualidad de ocasionar algún daño por contaminación, pueda indemnizar a las personas que se vean afectadas; al mismo tiempo, se hace lo propio con los libros de registro de hidrocarburos, que por el convenio MARPOL 73/78 están obligados a portar, lo que permite detectar si se han efectuado ilegalmente una descarga de hidrocarburos al mar.
Igualmente, esta Dirección elabora las Resoluciones Directorales y las Resoluciones Supremas de derecho de uso de áreas acuáticas, incluye la franja ribereña de los 50 metros, medidos a partir de la más alta marea del mar y las riberas, en las márgenes de los ríos y lagos navegables hasta la más alta crecida ordinaria, previa evaluación y aprobación de los proyectos presentados, velando por el estricto cumplimiento de las normas referentes a la protección del Medio Ambiente, la seguridad y la salud humana y la preservación de los recursos naturales.
El Departamento de Riberas y Zócalo Continental de la Dirección del Medio Ambiente, es la encargada del otorgamiento del derecho de uso de áreas acuáticas, de la habilitación de áreas acuáticas para acuicultura, del otorgamiento de autorización para operaciones de dragado y de la certificación de inspección de término de obra, tramitando para tal fin los expedientes presentados por los administrados conforme a los requisitos establecidos en el Texto Único de Procedimientos Administrativos de la Marina de Guerra del Perú (TUPAM - 15001), así como en otras normas emitidas, contando para tal efecto con el asesoramiento técnico del Departamento de Protección del Medio Ambiente y de la Dirección de Hidrografía y Navegación, así como con la opinión legal de la Oficina de Asesoría Jurídica.
El Departamento de Mercancías y Sustancias Peligrosas de la Dirección del Medio Ambiente de la Dirección General de Capitanías y Guardacostas, tramita las solicitudes de los administrados a través de sus expedientes presentados conforme a los requisitos establecidos en el Texto Único de Procedimientos Administrativos de la Marina de Guerra del Perú (TUPAM -15001), así como en cumplimiento a la normatividad vigente y los Convenios Internacionales y el Código Marítimo Internacional de Mercancías Peligrosas (Código IMDG), establecidos para tal fin.
El Departamento de Protección del Medio Ambiente de la Dirección de Medio Ambiente de la Dirección General de Capitanías y Guardacostas, según lo establecido en la Ley 1147, "Ley de Control y Vigilancia de las Actividades Marítimas, Fluviales y Lacustre", es responsable del control y vigilancia para la protección del medio acuático y franja ribereña, cuidando la preservación, restauración y mejoramiento de los mismos, así como la prevención de la contaminación provenientes de cualquier fuente, siempre que la actividad infractora se desarrolle en el ámbito de la jurisdicción de la Autoridad Marítima.